房屋办证交税问题请问,我们于2008…

房屋办证交税问题请问,我们于2008年买了一套单位的房子,一直到现在才办房产证。2009年期间我们又买了一套商品房,已经开始还贷,也没有办房产证。现在单位说我们办学校房子证件要按二套房交税,请问这合理吗?那我们2009年所买房子办证时按第几套房交税?敬请回答,谢谢!